刘云

2007.09-2011.06 吉林大学 自动化专业 工学学士

2011.09-2016.12 吉林大学 模式识别与智能系统 工学博士

2017.12-2021.09 吉林大学 讲师

2021.10-至今 吉林大学 副教授/硕士生导师

1.机器学习基础理论：面向高维多类不平衡数据的聚类算法及聚类有效性指标；面向异构数据的融合深度学习方法等。

2.宏基因组数据处理：宏基因组序列高精度聚类；从宏基因组中挖掘疾病相关等生物标记物，以及生物合成基因簇、抗菌肽等功能序列；面向宏基因组的蛋白质亚细胞定位预测方法等。

中国自动化学会智能健康与生物信息专委会委员

IEEE TFS、Pattern Recognition、Bioinformatics、Neurocomputing、Signal Processing、Bioinformatics Advances、iMETA等SCI期刊审稿人

机器人操作系统与软件工程 本科

python语言程序设计 本科

大数据与数据挖掘 本科

在读硕士3人。

1.中国博士后科学基金面上项目（2019M651204），基于无监督深度学习的肠道宏基因组低丰度物种挖掘算法，2019.5-2020.11，负责人

2.吉林省科学技术协会，第五批吉林省青年科技人才托举工程（QT202109），2021.4-2023.12，负责人

3.吉林省教育厅科学技术研究规划项目，基于深度学习的微生物组蛋白质亚细胞定位预测方法研究（JJKH20221008KJ），2022.01-2023.12，负责人

4.吉林省自然科学基金，融合Hi-C测序数据的单宏基因组DNA序列聚类方法研究（20230101064JC），2023.01-2025.12，负责人

5.国家自然科学基金（青年），面向宏基因组的蛋白质亚细胞定位预测方法研究（62303193），2024.01-2026.12，负责人

以第一/通信作者发表的代表性论文：

[1] Fu Liu, Zhimiao Zhao, Yun Liu*. PHPGAT: Predicting Phage Hosts Based on Multi-Modal Heterogeneous Knowledge Graph with Graph Attention Network [J]. Briefings in Bioinformatics, 2025, 26(1): bbaf017. （IF=6.8，中科院1区）

[2] Fu Liu, Jingyuan Wang, Yun Liu*. IMI2: A Fuzzy Clustering Validity Index for Multiple Imbalanced Clusters [J]. Expert Systems With Applications, 2024, 238: 122231. （IF=8.5，中科院1区）

[3] Yun Liu, Yanfang Jiang, Tao Hou, Fu Liu*. A new robust fuzzy clustering validity index for imbalanced data sets [J]. Information Sciences, 2021, 547(8): 579-591. (IF=8.233, 中科院1区)

[4] Yan Miao, Fu Liu, Tao Hou, Yun Liu*. Virtifier: A deep learning-based identifier for viral sequences from metagenomes [J]. Bioinformatics, 2022, 38 (5): 1216-1222. (IF=6.931)

[5] Fu Liu, Yan Miao, Yun Liu*, Tao Hou. RNN-VirSeeker: a deep learning method for identification of short viral sequences from metagenomes [J]. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2022, 19 (3): 1840-1849.

[6] Qiaoliang Liu, Fu Liu, Yan M, Jiaxue He, Tian Dong, Tao Hou, Yun Liu*. virSearcher: Identifying Bacteriophages from Metagenomes by Combining Convolutional Neural Network and Gene Information [J]. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2023, 20(1): 763-774.

[7] Liu Yun, Hou Tao, Kang Bing, Liu Fu*. Unsupervised Binning of Metagenomic Assembled Contigs Using Improved Fuzzy C-Means Method [J]. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2017, 14(6): 1459-1467.

[8] Yun Liu, Tao Hou, Yan Miao, Meihe Liu, Fu Liu*. IM-c-means: A new clustering algorithm for clusters with skewed distributions [J]. Pattern Analysis and Applications, 2021, 24(2): 611-623.

[9] Liu Yun, Hou Tao, Liu Fu*. Improving fuzzy c-means method for unbalanced dataset [J]. Electronics Letters, 2015, 51(23): 1880-1881.